Una de las principales metas mediombientales de la Junta es la tratamiento de las aguas residuales, de manera que se eviten vertidos a los cursos fluviales. En esta línea, la Administración autonómica, a través de la Delegación Territorial de Agricultura, lanza la licitación de las obras para construir tres nuevas depuradoras, con sus correspondientes agrupaciones de vertidos. Una de ellas se centra en la Sierra Sur, concretamente en la pedanía de Los Noguerones, Alcaudete, situada justo al lado del río Víboras. En este caso, el importe total, con el IVA incluido, se cifra en 1,87 millones de euros, mientras que el plazo de ejecución de las obras es de veinte meses desde su comienzo. En ese periodo se computan la redacción del proyecto, la construcción y la puesta en marcha del sistema.
Las otras dos intervenciones beneficiarán a El Condado y, más concretamente a los municipios de Navas de San Juan y Castellar. La navera es la intervención de mayor envergadura. Con un plazo previsto de dieciocho meses, el coste máximo total, con el IVA incluido, supera los 9,5 millones de euros. En este caso, la capacidad de tratamiento está pensada para unos 5.000 habitantes.
Por lo que atañe a la depuradora castellariega y el resto de infraestructuras complementarias, la duración del contrato se estipula en veinte meses, con unos 3,3 millones de importe de licitación. La población beneficiada ronda los 3.000 habitantes que tiene el municipio. En los dos lotes de El Condado, el tope para enviar ofertas de las empresas permanecerá abierto hasta las dos de la tarde el 23 de diciembre.
En todos los casos, los trámites para la creación de las depuradoras se remontan a años atrás. Por ejemplo, la de Los Noguerones deriva de un anteproyecto de 2016. En la instalación contemplada en el municpio alcaudetense se tratará las aguas residuales mediante contactores biológicos rotativos (biodiscos). La infraestructura permitirá salvaguardar el río Víboras, que, a escasa distancia desemboca en el pantano de Vadomojón, a caballo entre las provincias de Jaén y Córdoba. Por lo que atañe a la depuradora de Navas de San Juan, aunque en 2010 se declaró de interés público la estación junto con los colectores del municipio y de Arquillos, hasta 2017 no se dieron pasos más firmes, que han tenido que superar numerosos requisitos burocráticos, inclusive los de tipo arqueológico y la presentación de alegaciones de particulares. En el caso de Castellar el proceso ha resultado igualmente largo, aunque no existieron alegaciones.
Actualmente, la mayoría de los municipios, sobre todos los de mayor tamaño, cuenta con depuradoras en funcionamiento en diferentes etapas ya sea en proceso de construcción o de redacción del proyecto. Una de las asignaturas pendientes es la que se refiere al tratamiento en los núcleos rurales.
La Directiva 91/271 CEE, que impone que las poblaciones con más de 2.000 habitantes equivalentes dispongan de un tratamiento adecuado de las aguas residuales antes del 31 de diciembre de 2005 se incumple todavía en varios municipios de la provincia pese a que se ha rebasado ese límite temporada en más de una década y media. Los vertidos suponen para los ayuntamientos multas periódicas impuestas por parte de los organismos de cuenca.
