En la anterior colaboración situábamos a nuestro ilustre economista en la Universidad de Granada, en cuya institución permaneció tan sólo un curso académico (1896-1897), puesto que concluyó sus estudios en la de Oviedo, licenciándose en Derecho el 3 de noviembre de 1898. Terminada la licenciatura, se trasladó de nuevo a la Universidad Central de Madrid para cursar el doctorado, nivel académico que no impartía entonces la de Oviedo. Muy pronto, en concreto el 15 de diciembre de 1989, alcanzó el grado de doctor tras la lectura y defensa de su tesis doctoral.
Tras completar su formación en España, el joven Flores, con poco más de 23 años, continuó sus estudios en el extranjero. Inicialmente realizó una estancia en Alemania, destino que le aconsejó su tutor Giner de los Ríos, quien le dejó pocas opciones —otra alternativa hubiera sido el acudir a la Universidad de Cambridge para estudiar con Alfred Marshall—, dadas sus propias preferencias por las corrientes historicistas y econométricas.
Después de la etapa de estudio en Alemania, Flores de Lemus regresó a España en 1903, con 27 años recién cumplidos y dispuesto a iniciar su carrera profesional en la universidad española. A este respecto, nada más volver, se presentó a principios de 1904 a oposiciones de la Cátedra de Economía Política y Hacienda Pública de la Universidad de Barcelona. Concurrió junto con otros treinta firmantes, desarrollándose los diferentes ejercicios entre enero y marzo, mes éste en que concluyó la oposición, ganándola con rotundidad elocuente Flores de Lemus. En muy poco tiempo quedó consagrado como la primera figura entre los economistas españoles. Tal como afirma Lucas Beltrán: “Los anteriores a él fueron eclipsados y arrinconados. Sus contemporáneos y los más jóvenes que él pasaron a ser, casi sin excepción, seguidores o discípulos suyos. Prácticamente todos los actuales —referenciado en 1970— economistas españoles son alumnos directos o indirectos de Flores de Lemus, es decir, oyeron sus lecciones o las de aquellos que las oyeron”.
Entre 1905 y 1936 permaneció Flores de Lemus como asesor y funcionario al servicio del Ministerio de Hacienda. Los cargos y responsabilidades que ejerció durante su vida profesional, ligados a sus actividades en Hacienda, son importantes y variados. Así, en 1924 fue designado miembro del Consejo de Economía Nacional por el general Primo de Rivera, tras su creación el 8 de marzo; en 1927 elegido Presidente de la Comisión para la Reforma de las Contribuciones Directas; en 1929 nombrado Presidente de la Comisión para el Estudio de la Implantación del Patrón Oro, concediéndosele la Gran Cruz de la Orden del Mérito Civil en abril de este mismo ejercicio; en 1930 se le promueve a consejero de Campsa y vocal del Consejo Superior de Ferrocarriles en representación del Estado; al Banco de España accedió como consejero mediante nombramiento fechado el 1 de diciembre de 1931. En suma, una dilatadísima carrera profesional al servicio de la función pública, manteniendo sucesivamente la confianza de gobiernos y de ministros del más variado espectro político; sirvan de ejemplos extremos Primo de Rivera y Calvo Sotelo, Presidente y Ministro de Hacienda, respectivos, durante la Dictadura, así como Manuel Azaña e Indalecio Prieto, durante la II República.